اگر دردهای دوره ای پریود طولانی شود یا به درمان های عادی پاسخ ندهد، براساس معاینه و آزمایشات و سایر علائم، نوع ثانویه تشخیص داده می شود.
به عبارت دیگر، این دردها بر اثر بیماری های مشخص و مختلفی ایجاد می شود که باید ابتدا تشخیص داده، سپس درمان شوند. در نوع ثانویه دردهای دوره ای دیرتر و در سنین بالاتری شروع می شوند و اغلب با علائم دیگری همراه هستند. شایع ترین علل این دردها بیماری های اندومتریوز، آدنومیوز و وجود آی یو دی است اما می تواند به علت وجود میوم (فیبروم) در رحم یا پولیپ های رحمی و چسبندگی های داخل رحمی هم باشد.
بیماری اندومتریوز به علت وجود بافت داخل رحم در محلی غیرطبیعی به وجود می آید و علائم اصلی آن، دردهای شکم و لگن است که از یک هفته قبل از پریود شروع شده و گاه تا پایان خونریزی درد ادامه دارد. این درد ممکن است با مسکن بهبود نیابد. همچنین درد حین نزدیکی وجود دارد و گاهی نازایی هم وجود دارد. از آنجا که اندومتریوز، بیماری مهم و شایعی است در مورد آن در هفته های دیگر صحبت خواهد شد.
بیماری آدنومیوز ناشی از ایجاد بافت داخلی رحم در قسمت عضلانی رحم است و معمولا بدون علامت است اما گاهی علائمی را ایجاد می کند. این علائم شامل شروع دردهای کمر و شکم در سنین بالاتر از ۳۵ سال و از یک هفته قبل از شروع خونریزی است که تا پایان خونریزی ادامه دارد. معمولا طول مدت خونریزی و میزان آن هم زیادتر می شود. در صورتی که با درمان های معمول بهبود نیابد، بهترین درمان، برداشتن رحم است.
در برخی زنان هم گذاشتن آی یو دی موجب شروع دردهای دوره ای در شکم و کمر می شود که اگر با درمان های مناسب بهبود نیابد می توان آی یو دی را خارج کرد و از آی یو دی های خاص دیگر یا از روش جلوگیری دیگری استفاده کرد.
میوم یا فیبروم رحمی به معنی وجود توده ای از جنس عضلات رحم در قسمتی از دستگاه تناسلی است که علاوه بر دردهای شکم و لگن می تواند موجب خونریزی های شدید یا لکه بینی در بیمار گردد.
از دیگر بیماری های عامل دردهای دوره ای پریود، چسبندگی های رحمی هستند که معمولا به دنبال کورتاژهای خشن رحمی، اتفاق می افتد. گاهی نیز به دنبال عفونت های رحمی، چسبندگی داخل رحمی ایجاد می شود. علائم این بیماری دردهای دوره ای شکم، لگن و خونریزی های نامنظم است گاه سقط مکرر یا نازایی هم می تواند از علائم این بیماری باشد. دردهای دوره ای شکم و کمر علل دیگری نیز دارد که ناشایع بوده و نیاز به بررسی و معاینه دقیق جهت تشخیص دارند.