در مطالب گذشته از زگیل تناسلی گفتیم که جزو شایع‌ترین بیماری‌های آمیزشی است و بشدت مسری بوده و درمان قطعی ندارد (به این ترتیب که با درمان می‌توان ضایعات زگیل مانند را تا حد زیادی از بین برد ولی ویروس در بدن بیمار می‌ماند) و فقط در یک بار رابطه با فرد آلوده به این بیماری، احتمال انتقال بیماری 60 درصد است.
بد نیست بدانید برخی اوقات (10تا20 درصد) زگیل‌های تناسلی در عرض سه تا چهار ماه بدون درمان نیز ناپدید می‌شوند، اما برای درمان زگیل راه‌های درمانی مختلف مثل تجویز داروهای موضعی، لیزر، سوزاندن با حرارت، منجمد کردن و ... وجود دارد و میزان تاثیر و عوارض هر یک از روش‌های درمانی فوق متفاوت است. البته تمام درمان‌های موضعی زگیل‌های تناسلی می‌تواند به ایجاد بافت سفت در آن ناحیه منجر شود و رنگدانه‌های خود را از دست بدهد و سفید شود. روش‌های درمانی موثر عبارتند از؛
کرایو درمانی: در این روش ضایعه زگیلی با نیتروژن مایع منجمد می‌شود. میزان موفقت با این روش زیاد و عوارض آن اندک است، جای آن به صورت لکه سفید می‌ماند و بیمار موقع منجمد کردن اندکی سوزش و درد دارد و در هر جلسه چند عدد ضایعه قابل رویت منجمد می‌شود.
لیزر درمانی: از لیزر برای درمان ضایعات وسیع یا در مواردی که ضایعه دچار عود شده است، استفاده می‌شود. این روش نیاز به بی حسی موضعی یا بیهوشی دارد و از معایب لیزر می‌توان به هزینه بالا، مدت زمان طولانی برای ترمیم ضایعات لیزر و ماندن جای ترمیم ضایعات لیزر شده اشاره کرد.
سوزاندن با جریان برق: مؤثرترین روش در از بین بردن ضایعات زگیل مانند است که از جریان برق برای سوزاندن ضایعه (به کمک بی حسی موضعی) استفاده می‌شود؛ هر چند دود ناشی از سوختن زگیل عفونی است و باید در مرکزی انجام شود که تجهیزات لازم برای خارج کردن دود و بخارات از محیط را داشته باشد.
داروهای موضعی: از آنجا زگیل تناسلی انواع مختلفی دارد، باید توسط پزشک تجویز شود.
جراحی: اگر تعداد زگیل‌ها اندک و اندازه شان کوچک باشد با جراحی می‌توان آنها را برداشت. برای از بین بردن ضایعات زگیلی ناحیه تناسلی، جراحی بسیار مؤثرتر از درمان‌های طبی است. در این میان بیماران باید مراقب باشند چون زگیل‌ها به خودی خود عفونی هستند و دست زدن به آنها یا سعی در از بین بردنشان با روش‌های خانگی باعث انتشار عفونت می‌شود. همچنین خانم‌هایی که زگیل‌های تناسلی دارند، حتما باید پاپ اسمیر شده و از نظر وجود ویروس پاپیلوم انسانی (HPV) در دهانه رحم بررسی شوند، اما این آزمایش با آزمایش پاپ اسمیر معمولی فرق می‌کند. از طرفی بیماران باید دوره درمان تجویز شده توسط متخصص زنان را کامل کنند و اگر ضایعه با اولین درمان برطرف نشود، نیاز به بررسی بیشتر خواهد داشت. همچنین هر فرد مبتلا به زگیل‌های تناسلی باید تا کامل شدن دوره درمان از برقراری رابطه جنسی خودداری کند. حتی استفاده از کاندوم در رابطه جنسی، انتقال بیماری را به مقدار زیادی کاهش می‌دهد ولی صفر نمی‌کند